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La Campagne d'Egypte de Bonaparte
Le Directoire comprend la menace que représente la popularité nouvellement acquise par Bonaparte après la victoire de Campoformio. Il lui propose le commandement d'une armée destinée à envahir l'Angleterre.
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Bonaparte prend finalement la tête de l'expédition d'Egypte, qui a pour objectif de contrarier la présence anglaise en Méditerranée orientale et sur les routes des Indes. Il embarque à Toulon le 19 mai 1798, amenant 170 savants, et parvient à échapper à la flotte de Nelson. Les archéologues, astronomes, linguistes, historiens et botanistes qui s'étaient joints à l'expédition n'avaient d'autre justification que d'apporter une caution intellectuelle et d'attirer les bonnes grâces de l'Institut à l'égard du futur Napoléon. Ce dernier s'empare de Malte le 11 juin et débarque à Alexandrie le 1er juillet. La victoire des Pyramides du 21 juillet lui ouvre la route du Caire. La flotte française est détruite à Aboukir les 1er et 2 août. Bonaparte doit rester en Egypte. Il part à la conquête de la Syrie pour contrer la menace turque et s'empare d'El-Arich, Gaza, Jaffa le 6 mars 1799 et du mont Thabor le 16 avril.

La victoire à la seconde bataille d'Aboukir le 25 juillet évitera à l'armée française d'être prise à revers par un débarquement anglais. Fasciné par le pays et flatté de marcher sur les pas d'Alexandre et de César, Bonaparte songera à adopter la religion musulmane. Certains historiens rapportent que la circoncision obligatoire constituera une formalité jugée trop pénible pour aller jusqu'au bout de cette démarche. En Europe, les armées françaises subissent des revers face aux Autrichiens et aux Russes. Bonaparte, abandonne ses troupes et débarque à Fréjus le 8 octobre 1799. Rentré à Paris, il constate l'état de délabrement des institutions politiques.

Le Directoire est à bout de souffle. Kléber, resté sur place, périra dans la lutte qu'il menait contre les fanatiques islamiques. La mission de Bonaparte marque le début d'une période d'égyptomanie qui n'a cessé, dès lors, de sévir en France. Les meubles adoptent le style baptisé "retour d'Egypte". L'art décoratif fait appel à des têtes de Sphinx et de hiéroglyphes. Les bases de l'égyptologie reposent sur l'ouvrage appelé La description de l'Egypte qui contient de nombreux croquis réalisés par Vivant Denon. Champollion mettra au point un dictionnaire et une grammaire des hiéroglyphes en étudiant la pierre de Rosette qui comportaient des inscriptions en égyptien ancien et en grec.