Converti à la religion réformée, il prendra le commandement des Protestants et s'opposera à la paix d'Amboise de 1563. Les Guise, qui le soupçonnent d'avoir trempé dans l'assassinat du duc François, seront ses plus féroces ennemis.
Il deviendra commandant en chef de l'armée protestante en 1569, sous l'autorité de Henri de Navarre, puis reviendra à la Cour après la paix de Saint-Germain signée l'année suivante dont il sera l'un des négociateurs. Il tentera ensuite de persuader le jeune roi Charles IX d'entrer en guerre contre l'Espagne catholique. Cette ascendance déplaira à la reine mère, Catherine de Médicis. Après une première tentative d'assassinat, le 23 août 1572, Coligny sera tué par le Duc de Guise, la nuit du 24 août 1572. Il sera la première victime du massacre de la Saint-Barthélemy.
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