Le Ninomaru, également appelé "second château" sera achevé en 1603, puis agrandi par le petit-fils Iemitsu d'Ieyasu. Il survit dans sa forme originale et est célèbre du fait de son architecture Momoyama, ses portes coulissantes décorées et ses planchers qui grincent en imitant les chant des rossignols au moindre pas, une mesure de sécurité contre des intrus.
Le palais comprend 5 bâtiments, 33 pièces et 800 matelas Tatami. Il est presque intégralement construit en bois de cyprès du Japon.
