Le mur d'enceinte (la quatrième), en latérite, est également celui de la cité. Il est coupé par quatre gopuras de style Bayon, identiques à ceux de Ta Prohm, ornés, en partie haute, de quatre visages de Lokeçvara dirigés vers les quatre points cardinaux, et, dans les angles, de motifs à garudas.
Jayavarman VII abandonnera le linga et s'incarnera dans le Bouddha. Il créera la trinité Bouddhique (Bouddha, Lokeçvara, Prajnaparamita) en instaurant le culte se ses parents. Sa mère deviendra la déesse Prajnaparamita, mère spirituelle de tous les Bouddhas, dont l'âme séjournait au Ta Prohm, son père sera le bodhisattva Lokeçvara, le "Bouddha compatissant", le dieu de bonté accessible à tous, demeurant au Prah Khan.
La terrasse cruciforme qui franchit les douves du coté ouest est protégée par les lions gardiens et est ceinturée par des nâgas balustrades à garuda.
La troisième enceinte est également entourée d'un mur en latérite. Le gopura, à plan cruciforme et piliers intérieurs, est plus ancien. Les deux passages latéraux sont indépendants de la porte centrale.
La "Salle de Danse" était, à l'origine, un bâtiment à toit couvert soutenu par des colonnes ornées d'apsaras.
Le gopura principal de la seconde enceinte se trouve à l'ouest. Celui de l'est est d'importance moindre et de simples portes permettent d'accéder au nord et au sud. Les angles de l'enceinte intérieure sont marqués par une tour. Chacune d'entre elles est séparée par un gopura de taille identique, relié au sanctuaire central par une galerie axiale. Deux des quatre cours intérieures abritent des "bibliothèques".