La construction du sanctuaire, qui daterait de à 839, devait à l'origine calmer les esprits du prince impérial Iyo (le fils de l'Empereur Kammu) et de sa mère Fujiwara Yoshiko qui décédée en 809 à la suite de souffrances. Le nombre de divinités sera ensuite porté à huit.
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Ce sanctuaire, situé à l'origine au sud de celui de Goryo, portera alors le nom de Shimo (en bas, au sud) Goryo. Il sera ensuite déplacé pour être installé à cet endroit, en 1590, à la suite des travaux d'urbanisme entrepris par Toyotomi Hideyoshi. Le sanctuaire était considéré alors le celui du dieu protecteur du Palais Impérial de Kyoto. Durant les années de Kyoho (1716-1736) l'empereur Reigen visitera ce sanctuaire et y consacrera des prières écrites.
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