L'édit de Saint-Germain-en-Laye, signé en 1562, accorde aux protestants la liberté de culte en dehors des villes. Peine perdue, les massacres entre catholiques et protestants commencent. La première guerre des religions oppose les familles Coligny, Condé et Bourbons à la tête des protestants aux familles Montmorency et de Guise qui représentent les catholiques.
Charles IX, âgé de 13 ans, est déclaré majeur en 1563. Il doit faire face aux seconde et troisième guerres de religion dans la période troublée comprise entre 1567 et 1578. La famille d'Anjou se range aux cotés des de Guise. Une nouvelle paix, signée à Saint-Germain-en-Laye en 1570, accorde la liberté de culte aux protestants.
Henri de Navarre, futur roi Henri IV, épouse Marguerite de Valois, baptisée la Reine Margot et soeur de Charles IX le 18 août 1572. Un attentat contre les Coligny échoue quatre jours plus tard. Cet événement sert de détonateur massacre de la Saint-Barthélemy du 24 août 1572. Le futur Henri IV est obligé d'abjurer. Certains historiens mettent directement en cause Catherine de Médicis dans ces événements. Régente du royaume entre 1559 et 1589, elle met à profit les luttes qui opposent les différentes factions pour éliminer ses adversaires potentiels et garantir le trône à ses fils.
Charles IX épouse Elisabeth d'Autriche en 1570. La quatrième de religion éclate trois ans plus tard et durera une année.
Charles IX, meurt le 30 mai 1574 à l'age de 24 ans en laissant le royaume aux mains de Catherine de Médicis entreprend une nouvelle période de régence.
| Ayant sous ses ordres Gaspard de Coligny |
