Le gouvernement de Heian et l'aristocratie seront incapables de surmonter les guerres civiles (de Hogen et de Heiji), les incendies, famines et épidémies qui frapperont le Japon à la fin du XIIème siècle.

L'empereur fera appel aux clans guerriers des provinces du nord et de l'est du Japon, indépendants dans les faits. Ces derniers étaient organisés de manière féodale pour gérer les vastes domaines octroyés à titre de récompense, et pour assurer la protection des paysans menacés par les pillards.

Les Taira (Heiké) et les Minamoto (Genji), appelés pour rétablir l'ordre dans la capitale (Kyôto), se disputeront le pouvoir au cours des guerres de Gempei. Les Taira seront vaincus par Minamoto no Yoritomo au terme d'une dizaine d'années de conflits sanglants, au cours desquels Kyôto et Nara seront ravagées par des incendies.

Yoritomo déplacera le siège du gouvernement de Kyôto à Kamakura, dans l'Est du Japon, en 1185. La période de Kamakura (1192 - 1338) instaurera un gouvernement militaire, le Bakufu ("gouvernement de la tente", appelé "Shogunat" en Occident). L'empereur Go-Toba (1179-1239) affirmera son autorité en 1192, en lui décernant le titre de Shôgun (abréviation de "Sei-i-tai-Shôgun", "Gouverneur militaire contre les barbares").

Pour la première fois dans l'histoire du Japon, le pouvoir s'exercera en dehors des provinces du Kinai (centre de l'île de Honshu). Des groupes de guerriers provinciaux, dont les chefs n'étaient pas des aristocrates vivant à la cour, interviendront sur la scène politique.

La paix relative de l'époque Kamakura sera le fruit d'un compromis entre la noblesse, qui résidait à la cour de Kyôto, et les clans guerriers. Le gouvernement du Bakufu recevait sa légitimité de la cour, et en retour l'empereur confiait le maintien de l'ordre aux guerriers.

Le renouveau religieux de Kamakura ne se limitera pas à l'apparition de nouvelles écoles. Les moines des écoles traditionnelles s'efforceront de régénérer les principes bouddhiques.
- Eizon (l201-1290) et son disciple Ninshô (1271-1303), qui entreprendront la restauration de l'école Ritsu, seront rejoints par de nombreux fidèles provenant de la cour et parmi les fonctionnaires du Shôgunat.
- Jokei (1155-1213), qui prendra les rênes de l'école Hosso, renouvellera la discipline monastique, combattra la pratique du nembutsu et s'engagera dans la célèbre controverse avec Hônen.
- Myôe (1173-1232), fondateur du temple Kôzan-ji, restaurera l'école Kegon. Il rencontrera Eisai avec lequel il étudiera le Zen. Il écrira plus de 70 traités, dont le "Saijarin" qui est une critique de la doctrine la Terre pure de Hônen.

Les nouvelles écoles de Kamakura devront affronter les critiques des écoles anciennes, jalouses de leur succès, et des mouvements de restauration du Shintô qui affirmaient que les Bouddha étaient des manifestations des Kami et non l'inverse. Le Bouddhisme et le Shintô avaient jusqu'alors coexisté paisiblement. La plupart des empereurs s'étaient montrés également favorables aux deux religions.