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L'église renferme les deux chaînes qui, selon la légende, lièrent saint Pierre, l'une à Jérusalem, l'autre à Rome. Une soudure miraculeuse aurait réuni les deux reliques.
Francesco della Rovere, futur pape Sixte IV (1471-1484), puis Giuliano della Rovere, futur pape Jules II (1503-1513), feront restaurer l'église en leur temps. Le dernier la dotera d'un porche. Le bâtiment médiéval sera profondément remanié au XVIIème et XVIIIème siècle, période au cours de laquelle la nef centrale sera couverte d'une voûte peinte d'une fresque.
Le mausolée de Jules II, sculpté par Michel-Ange, devait à l'origine être construit sur trois niveaux au centre le la basilique Saint-Pierre et contenir quarante statues. Michel-Ange se rendra à Carrare durant huit mois afin de choisir les blocs de marbre nécessaire à sa réalisation. Le pape, qui changeait sans cesse d'avis et ne jurait plus que par Bramante, laissera finalement tomber le projet.
Michel-Ange, qui s'en retournera à Florence, ne reprendra le tombeau qu'à la mort du pape, en 1513. Il n'en sculptera que les esclaves, aujourd'hui conservés au Musée du Louvre, et entreprendra l'exécution des statues des filles de Laban, Lia et Rachel. Le pape Jules III, souhaitant que Michel-Ange abandonne ce chantier pour se consacrer au Jugement Dernier de la Chapelle Sixtine, découvrira le Moïse dans l'atelier de l'artiste. Il jugera que la statue était d'une qualité suffisante pour honorer la sépulture d'un pape. L'exécution du reste du mausolée reviendra aux élèves de Michel-Ange. |