Fondée par des Eoliens venus de Magnésie en Thessalie, la cité sera mentionnée pour la première fois au XIème siècle avant Jésus-Christ. Elle sera conquise par les Perses en 530 avant Jésus-Christ, après avoir été occupée par les Lydiens puis les Cimmériens. Sparte s'emparera de la ville après le départ des Perses. Cette dernière entrera en conflit avec Milet au IIIème siècle avant Jésus-Christ.
Magnésie du Méandre accueillera une garnison après la conquête d'Alexandre. Pergame en deviendra maître après sa victoire à la bataille de Magnésie du Sipyle, en 190 avant Jésus-Christ. La domination romaine interviendra soixante années plus tard. La cité, considérée comme la septième ville d'Asie, restera fidèle à Rome au cours du conflit qui opposait la capitale de l'Empire à Mithridate. Elle accédera ainsi au rang de ville libre. Elle deviendra le siège d'un évêché à l'époque byzantine.
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